به دنبال این موفقیت وی به تهران احضار و به فرماندهی پایگاه یکم شکاری مهرآباد منصوب شد. سمت بعدی او در نیروی هوایی معاونت عملیات نیروی هوایی بود و بعد از یک ماه انجام وظیفه در این سمت جانشین تیمسار سرلشکر باقری در سمت فرماندهی نیروی هوایی شد.
در سال ۱۳۵۹ او و نیروی هوایی بحران ناشی از کشف کودتای نوژه را از سرگذراندند، علیرغم پاکسازی‌های گسترده و سوظن دولت انقلابی سرهنگ فکوری موفق به احیای فعالیت روزمره و پروازهای عملیاتی نیروی هوایی شد. بدنبال اولین انتخابات ریاست جمهوری و پس از تشکیل کابینه محمد علی رجایی او با حفظ سمت به عنوان وزیر دفاع برگزیده شد و به عضویت دولت درآمد.
به‌دنبال حمله ارتش عراق به ایران در سی و یکم شهریورماه ۱۳۵۹، سرهنگ فکوری با موفقیت عملیات البرز یا طرح کمان ۹۹ را که شامل حملهٔ سراسری به پایگاه‌های نیروی هوایی عراق و مراکز حساس نظامی و اقتصادی این کشور بود به اجرا گذاشت.
موفقیت نیروی هوایی در اجرای این عملیات در شرایط بحرانی بعد از پیروزی انقلاب اسلامی و وضعیت جنگی شگفتی ناظران جهانی را به دنبال داشت.
در این ماه‌های آغازین جنگ نیروی هوایی تحت فرماندهی سرهنگ فکوری به مقابله با تهاجم زمینی ارتش عراق پرداخت و در بسیاری از موارد به‌ویژه حفظ شهر استراتژیک دزفول و پشتیبانی از مدافعان شهر آبادان نقشی حیاتی را ایفا کرد.
سرهنگ فکوری همچنین شخصاً در طراحی و اجرای عملیات اچ-۳، حمله به پایگاه‌های نیروی هوایی عراق در جوار مرز این کشور با اردن، شرکت داشت. حمله به اچ -۳ در کنار کمان ۹۹ جزو موفق‌ترین عملیات‌های نظامی نیروهای هوایی مدرن هستند.
در شهریور ماه ۱۳۶۰ و با نزدیک شدن زمان اجرای عملیات شکست حصر آبادان سرهنگ جواد فکوری به پیشنهاد تیمسار سرلشکر فلاحی به ستاد مشترک ارتش جمهوری اسلامی منتقل شد و جای خود را به سرهنگ معین پور واگذار کرد.
جواد فکوری در ۷ مهرماه سال ۶۰ در راه بازگشت از جبهه بر اثر سقوط پرواز هرکولس سی-۱۳۰ نیروی هوایی ارتش ایران ۱۳۶۰ به همراه جمعی از فرماندهان ارتش و سپاه، تیمسار سرلشکر فلاحی، سرهنگ نامجو، سرداران کلاهدوز و جهان آرا، به شهادت رسید.
پیکر پاک شهید سرلشکر جواد فکوری در قطعه شهدا در بهشت زهرا تهران دفن شد.
شهید جواد فکوری فردی واقعا مسلمان و دلسوز به حال انقلاب اسلامی بود. او کار را با حضور در نیروی هوایی شروع کرد و به علت عهد‌ه‌دار بودن دو شغل مهم و حساس به ناچار در هفته سه روز در نیروی هوایی بود و سه روز دیگر در وزارت دفاع.
یکی از کارهای گرانقدر ایشان همان فرستادن 140 هواپیمای جنگنده به سوی خاک عراق پس از اولین حمله هوایی ناگهانی مزدوران بعث بود. شهید فکوری به عنوان فرمانده یک نیرو جهت منجسم و هماهنگ کردن نیروها بسیار تلاش می‌کرد.
شهید فکوری در تمام دوران خدمتش در ارتش به عنوان فردی مذهبی و قاطع شناخته می‌شد و به همین علت پس از پیروزی انقلاب اسلامی مسئولیت‌ها و پست‌های زیر را به عهده داشت.
فکوری جزء، بزرگانی بود که پله به پله، نردبام ترقی را طی کرد و وقتی به جایگاه خلبانی و کسوت هدایت جنگنده‌های ایرانی رسید، کمال واقعی را با تمام وجود حس و لمس کرد.
سرلشکر جواد فکوری مؤلف چندین کتاب و دستورالعمل آموزشی در نیروی هوایی بوده‌است. از آن جمله می‌توان به کتابچهٔ اطلاعات نیروهای هوایی منطقه اشاره کرد.